Estijos nepriklausomybę Lietuva pripažino 1921 metų kovo 2 dieną, o po okupacijos iš naujo savo nepriklausomybę atkūrusią Estijos Respubliką Lietuva pripažino 1991 metų rugpjūčio 22 dieną. Diplomatiniai santykiai tarp Estijos ir Lietuvos buvo užmegzti  1991 metų birželio 16 dieną.

Dabartinis Lietuvos ambasadorius Estijoje Juozas Bernatonis akreditacinius raštus įteikė 2006 metų spalio 12 dieną. Nuo 2008 metų  spalio 13 d. Estijos ambasadorius Lietuvoje yra Tiit Naber.

Estijos ir Lietuvos santykius daugiau negu  dešimtmetį charakterizuoja  panašūs užsienio politikos prioritetai: integracija į Europos Sąjungą bei NATO. Dėl to abiejų valstybių tarpusavio bendradarbiavimas bei santykiai buvo labai artimi. Reguliariai susitinka abiejų valstybių prezidentai, vyriausybių vadovai ir užsienio reikalų ministrai. Be to Estijos ir Lietuvos aukščiausių valstybės pareigūnų susitikimai vyksta įvairių Baltijos valstybių bendradarbiavimo organizacijų ir struktūrų bei tarptautinių forumų metu. Bendravimas yra aktyvus ir žemesniu lygiu – ministerijų ir kitų valstybinių institucijų lygmenyje.

Estijos ir Lietuvos santykius galima nagrinėti ir trijų Baltijos valstybių bendradarbiavimo rėmuose – daugelis Baltijos valstybių tarpusavio bendravimą reguliuojančių sutarčių yra trišalės. Nuo 1995 metų liepos 1 dienos tarp valstybių galioja bevizis režimas, o 1995 metų birželio 30 dieną buvo sudarytas trišalis susitarimas dėl neteisėtai valstybėse esančių asmenų grąžinimo. 1999 metų rugsėjo 23 dieną įsigaliojo Estijos, Latvijos ir Lietuvos konsulinės pagalbos ir bendradarbiavimo sutartis.  Nuo 2007 metų gruodžio mėnesio  abi šalys tapo pilnateisėmis Šengeno erdvės narėmis.